Danny, fils du réalisateur John Huston et frère de l'actrice Anjelica Huston, a été peintre avant de se tourner vers la réalisation pour le cinéma et la télévision, puis le métier de comédien.
Danny Huston est né à Rome en 1962. Il a grandi en Irlande et à Londres et a séjourné au Mexique et aux Etats-Unis.
Après avoir entamé une carrière de peintre, il s'est tourné vers la réalisation. On lui doit les films Mr. North, Devenir Colette et The maddening. Cherchant à mieux comprendre le travail des acteurs, il a tenu plusieurs petits rôles et s'est alors découvert une vraie passion pour le métier de comédien.
En tant qu'acteur, il a donc débuté au cinéma en 1996 dans Leaving Las Vegas de Mike Figgis, puis dans Anna Karenine de Bernard Rose. Il a tenu son premier rôle majeur dans le film indépendant Ivans XTC, réalisé par Bernard Rose et nommé à plusieurs Independent Spirit Awards, dont celui du meilleur acteur pour Huston, qui y incarne l'agent hollywoodien Ivan Beckman. On le retrouve dans Hotel et Timecode de Mike Figgis, Eden d'Amos Gitai, 21 grammes d'Alejando Inarritu, et Birth de Jonathan Glazer.
Il a joué par la suite dans The proposition de John Hillcoat, Aviator de Martin Scorsese, The constant gardener de Fernando Meirelles, et dans le film britannique indépendant Alpha malle de Dan Wilde.
Il a également été l'interprète de Silver City de John Sayles, Les fils de l'homme d'Alfonso Cuaron, Marie-Antoinette de Sofia Coppola, et Fade to black d'Oliver Parker. Il incarnait dans ce dernier film Orson Welles. Le Museum of Modern Art de New York a projeté le film dans le cadre de sa rétrospective sur la famille Huston. Il a joué plus tard le double rôle du Dr Isaac French et du Dr Miles Phoenix dans Le nombre 23 de Joel Schumacher, aux côtés de Jim Carrey.
Danny Huston a également tourné la mini-série John Adams, dans laquelle il joue Samuel Adams, frère du personnage-titre incarné par Paul Giamatti, puis dans le film indépendant Kreutzer sonata, réalisé par Bernard Rose, How to lose friends & alienate people de Robert B. Weide, d'après les mémoires de Toby Young, éditeur de Vanity Fair.
En 2008 il est à l'affiche de 30 jours de nuit de David Slade, puis rejoint Hug Jackman et Liev Schreiber au casting de X-Men origins : Wolverine de Gavin Hood.
Il a par ailleurs collaboré à l'écriture des scénarios de Day of the dead, First love et Amparo. En 2009, on le retrouve à l'affiche de Silver City de John Sayles, aux côtés de Chris Cooper et Maria Bello.
