Originaire du Nord, Jacques Bonnaffé fait ses armes au Conservatoire de Lille avant de monter sur les planches, notamment dans Britannicus de Racine. Au cinéma, cet acteur âgé de 43 ans est découvert en 1984 dans Prénom Carmen de Jean-Luc Godard où une scène le révèle se masturbant sous la douche. Depuis son premier film, Anthracite d'Edouard Niermans, Jacques Bonnaffé est resté cohérent dans ses choix en privilégiant le cinéma d'auteurs réputé exigeant.L'acteur a notamment travaillé avec Philippe Garrel (Elle a passe tant d'heures sous les sunlights...), Jean-Charles Tacchella (Escalier C) et Jacques Doillon (La Tentation d'Isabelle).Ex-compagnon de Nathalie Baye dans Vénus beauté (institut) en 1999 ou militant d'Act-up dans Jeanne et le garcon formidable en 1998, il participe à Va savoir en 2001. Il fait également une apparition dans La Repentie qui marque le retour d'Isabelle Adjani au cinéma.