Stephen Frears fait ses études de droit avant de devenir assistant metteur en scène au Royal Court Theatre de Londres. En 1966, il devient l'assistant de Karel Reisz pour son film Morgan, avant d'intégrer la compagnie de production d'Albert Finney. Après un court métrage (The Burning) en 1967, Stephen Frears réalise son premier long métrage, Gumshoe (1972), un thriller inspiré des films noirs des années 40. Parallèlement, il entame une carrière prolifique à la télévision anglaise (près de 40 téléfilms). En 1984, le cinéaste revient au grand écran et au thriller avec The Hit, puis reprend son travail à la télévision avec My Beautiful Laundrette (1985), qui évoque les troubles raciaux entre Anglais et Pakistanais à travers les relations homosexuelles de ses deux héros. Channel Four fait gonfler des copies en 35 mm, à la suite des critiques enthousiastes pour la distribuer dans toute l'europe. S'ensuit Prick up your Ears (1987), qui relate la vie du dramaturge Joe Orton, dont la mort, révéla à l'Angleterre puritaine son homosexualité et sa vie ponctuée de scandales. La même année, Stephen Frears signe Sammy et Rosie s'envoient en l'air, succès public, mais pas critique. Certains membres de la communauté pakistanaise sont choqués par les moeurs sexuelles des protagonistes et certaines allusions à la religion. En 1988, Frears adapte Les Liaisons dangereuses, triomphe aux Etats-Unis et en France pour sa première production internationale. En 1990, il revient au film noir (Les Arnaqueurs), enchaine avec une comédie grinçante (Héros malgré lui, 1992) avant de s'atteler à une petite production en 1993 avec The Snapper. De retour aux Etats Unis trois ans plus tard pour un film avec deux vedettes, John Malkovich et Julia Roberts (Mary Reilly), il travaille déjà son film suivant, The Van, troisième volet de la trilogie "Barrytown" d'après l'auteur irlandais Roddy Doyle après Les Commitments d'Alan Parker (1991) et The Snapper. Il reprend ensuite le scénario que souhaitait tourner Sam Peckinpah trente ans plus tôt, The Hi-Lo Country, que produit Martin Scorsese (1998). En 2000, Frears met en scène High Fidelity, adapté du roman de Nick Hornby, produit et coécrit par John Cusack, qui a monté le projet. Le réalisateur retourne ensuite en Grande-Bretagne pour tourner l'historique Liam (2000) puis le thriller Dirty pretty things où il dirigie Audrey Tautou dans son premier rôle anglophone. En 2004, le cinéaste est invité au Festival de Cannes pour y animer la traditionnelle Leçon de cinéma.
Par la diversité des genres qu'il aborde et ses accents audacieux voire provocateurs, Stephen Frears est aujourd'hui considéré comme l'un des plus grands cinéastes internationaux1. Il a eu la chance de diriger plusieurs grandes stars dont il a su tirer le meilleur (Hoffman, Streep, Roberts, Malkovitch, Close, Pfeiffer, Mirren, Huston, Daniel Day-Lewis, Judi Dench, Kathy Bates, Gary Oldman...).
Il a épousé Anne Rothenstein en 1992. Il avait eu, d'un précédent mariage, deux enfants : le réalisateur Will Frears et une fille.
Il fut président du jury au 60e Festival de Cannes, qui s'est tenu du 16 au 27 mai 2007. Le 18 mars 2009, il est fait commandeur des arts et des lettres.