Après des études à l'Ecole des Arts Décoratifs de Nice, où il tourne ses premiers courts métrages, Jan Kounen officie en tant qu'assistant opérateur et réalisateur de vidéoclips et documentaires. En 1989, il se fait un nom avec le court-métrage Gisele Kerosene, auréolé du Grand Prix de la catégorie au Festival du Film Fantastique d'Avoriaz.Au début des années 90, Jan Kounen travaille beaucoup pour la publicité et signe deux nouveaux courts métrages très remarqués, Vibroboy et Le Petit chaperon rouge, ce dernier le voyant travailler avec Emmanuelle Béart. En 1996, il signe son premier long-métrage, l'excentrique et violent Dobermann, porté par Vincent Cassel.Après le très controversé Dobermann, Jan Kounen part au Mexique et au Pérou, s'immerge dans la culture chamane et revient en 2004 avec le western Blueberry, adaptation de la célèbre bande-dessinée de Jean-Michel Charlier et Jean Moebius Giraud dont il donne le rôle-titre à son complice Vincent Cassel. La même année, il poursuit son étude du chamanisme avec le documentaire D'autres mondes.
