Jennifer Lee a rejoint Walt Disney Animation Studios en mars 2011 en tant que scénariste pour la très récente comédie d’aventures LES MONDES DE RALPH. Elle a participé à l’écriture du scénario de LA REINE DES NEIGES d’après le conte d’Andersen et l’a coréalisé aux côtés du vétérande Disney, Chris Buck. Son adaptation du roman de John Steinbeck LE ROI ARTHUR ET SES PREUX CHEVALIERS sera produite par Troika Pictures. Elle a un scénario original en développement chez Appian Way, la société de Leonardo DiCaprio ; et Radiant Productions, la société de Wolfgang Petersen, a pris une option sur un autre de ses scénarios originaux, LUCID DREAMS. Après le succès sans précédent de LA REINE DES NEIGES, Jennifer Lee et Chris Buck réalisent un court métrage intitulé La Reine des Neiges: Une Fête Givrée, qui n'est autre qu'une suite des aventures d'Anna, Elsa et d'Olaf. Le court métrage sort en mars 2015. Lee poursuit sa carrière chez Disney en participant à l’écriture de Zootopie et Un Raccourci dans le Temps, avant de s'atteler au très attendu La Reine des neiges 2 dont la sortie est prévue pour novembre 2019. Le 19 juin 2019, Jennifer Lee devient directrice artistique de Walt Disney Animation Studios. Elle succède ainsi à John Lasseter qui a été contraint de laisser sa place en raison des accusations dont il fait l'objet. Si Lee dirige la branche Disney, c'est Pete Docter (Là-Haut) qui gère Pixar.