Jonás Cuarón fait ses débuts de scénariste de long métrage aux côtés de son père, Alfonso Cuarón, avec Gravity. Le film reçoit sept Academy Awards dont celui du meilleur scénario, et offre à Cuarón père & fils une nomination aux BAFTAs. Il a également réalisé, écrit, produit et monté le court-métrage Aningaap , sorte de prolongement de Gravity, montrant du point de vue d’Aningaap, pêcheur Inuit, l’appel radio du Dr Ryan Stone, joué par Sandra Bullock. Ce court-métrage a été tourné au Groenland. Jonás Cuarón a précédemment écrit, réalisé et produit le film indépendant Year of the Nail qu’il a également éclairé et monté. Il reçut pour ce film le Prix Special de Performance Artistique au Festival de Thessaloniki en 2007. Il réalisa la même année un documentaire court The Shock Doctrine qu’il a également monté. Desierto est son premier long métrage en tant que réalisateur. En 2016, il passera de nouveau derrière la caméra, pour revisiter le personnage créé par Johnston McCulley : Zorro.