Fils du célèbre sociologue Pierre Bourdieu, Emmanuel Bourdieu se lie d'amitié avec Jeanne Balibar et Arnaud Desplechin lors de ses classes préparatoires. Devenu Normalien, agrégé et docteur en philosophie, il se tourne tout naturellement vers l'enseignement. Mais très vite il commence à écrire des pièces de théâtre qu'il met en scène. Deux d'entre elles, Tout mon possible sera d'ailleurs montée en 1998 par Denis Podalydès. Ses collègues étudiants deviennent des artistes reconnus avec qui il va former un groupe de jeunes cinéastes intellectuels - "rive gauche". Outre Jeanne Balibar et Arnaud Desplechin, on y trouve Mathieu Amalric, Emmanuelle Devos et les frères Podalydès. Il co-écrit plusieurs scénarios d'Arnaud Desplechin, notamment Comment je me suis disputé... (ma vie sexuelle) et Esther Kahn. Puis Emmanuel Bourdieu collabore avec d'autres cinéastes : Nicole Garcia pour Place Vendome et Catherine Corsini pour La Nouvelle Eve. Il passe à la réalisation avec un premier court métrage intitulé Venise en 1998, mais c'est avec Candidature, moyen-métrage lauréat du Prix Jean-Vigo en 2001, qu'il est remarqué. Dans cette peinture acide du milieu universitaire, il filme encore son complice Bruno Podalydès, qu'il retrouve en 2003 pour son premier long-métrage, Vert paradis, avec Natacha Régnier.