Adolescent cinéphile originaire de Marseille, Emmanuel Mouret monte à Paris où il prend des cours d'art dramatique, enchaîne les petits boulots sur des tournages, et intègre la FEMIS (département réalisation). La prestigieuse école de cinéma, dont il sort diplômé en 1998, lui permet de signer une poignée de courts métrages, ainsi qu'un moyen métrage, Promène-toi donc tout nu !, son film de fin d'études, qui bénéficie d'une sortie en salles en 1999. Dès ce coup d'essai, un subtil marivaudage salué par la critique, il impose un ton et un univers.
Héritier de Rohmer, Guitry et Woody Allen, le cinéaste joue souvent, comme ces deux derniers, le rôle principal de ses films, un jeune homme candide et maladroit. Il incarne ainsi, aux côtés de Marie Gillain, le héros de son premier long métrage, Laissons Lucie faire (2000). Mouret devra attendre quatre ans avant de réaliser son film suivant, Vénus et Fleur, portrait de deux jeunes filles en quête de l'âme soeur, une comédie nonchalante présentée à Cannes dans la cadre de la Quinzaine des Réalisateurs.
Egalement sélectionné à la Quinzaine, Changement d'adresse (2006), nouvelle réflexion amusée sur "l'obstination amoureuse et la malléabilité du cœur" au casting surprenant (la "Blonde" Frédérique Bel, le crooner Dany Brillant), se taille un joli succès, ce qui permet à Mouret de tourner très rapidement Un baiser s'il vous plaît (2007), présenté dans une section parallèle de la Mostra de Venise. Avec cette comédie à tiroirs, le metteur en scène creuse son sillon, même s'il dirige cette fois des comédiennes confirmées (Virginie Ledoyen, Julie Gayet).
La carte du tendre version Emmanuel Mouret s'enrichit en 2009 d'une nouvelle étape, plus franchement burlesque, Fais-moi plaisir !. L'acteur-réalisateur-gaffeur y est entouré de Judith Godrèche et Déborah François.
En 2011, il se lance un nouveau défi, s'entourant cette fois-ci d'une quinzaine d'acteurs de première ligne pour L' Art d'aimer, sa nouvelle comédie en mode "film choral". Il retrouve pour cette production ses actrices fétiches, Judith Godrèche et Frédérique Bel, mais aussi François Cluzet, Julie Depardieu, Ariane Ascaride et Gaspard Ulliel.
