Michael Hegner commence sa carrière comme assistant à l'animation sur des productions de la télévision danoise. Il devient rapidement animateur et responsable du storyboard sur deux longs métrages animés produits en Allemagne, Der Kleene Punker (1992) et Werner (1996). Il acquiert son expérience de réalisateur sur de nombreux spots publicitaires, et son travail pour la campagne de sensibilisation au don d'organe lui vaut de recevoir de nombreux prix internationaux. Gloups! Je suis un poisson est sa première expérience en tant que réalisateur de long métrage d'animation.