Michael Nyqvist est né en 1960 à Stockholm, capitale de la Suède. A 17 ans, il découvre la comédie lors d'un voyage scolaire dans le Nebraska, aux Etats-Unis. Il joue ainsi dans la pièce Death of a salesman de Arthur Miller. A son retour en Suède, il s'inscrit dans une école de danse mais abandonne au bout d'un an, réalisant que la danse n'est pas sa vocation. Il choisit la comédie à la place et intègre la Swedish Academic School of Drama.
Ses études terminées, Michael Nyqvist joue dans beaucoup de pièce de théâtre mais tourne aussi quelques petits rôles au cinéma. Il se fait enfin connaître en 2000 avec le film Together, réalisé par Lukas Moodysson, qui est un beau succès international.
Depuis il a tourné dans de nombreux films récompensés comme Grabben I graven Bredvid de Kjell Sundvall, ou As it is in heaven de Kay Pollak. En 2009, on le retrouve à l'affiche de Millénium, le thriller adapté de la célèbre trilogie de Stieg Larsson. Actuellement, il est un des acteurs suédois les plus appréciés du public.