Dernier-né d'une famille nombreuse, Eduardo Noriega fréquente l'Ecole Dramatique de Santander puis l'Ecole Supérieure Royale de Madrid. Il fait sa première apparition à l'écran en 1995 dans Historias del Kronen. Cette année-là , il tourne également dans Luna, court métrage du débutant Alejandro Amenabar, qui deviendra son réalisateur fétiche, lui offrant en 1996 son premier grand rôle dans Tesis, un thriller sur l'univers trouble des snuff movies où il incarne un mystérieux étudiant. Tesis est un gros succès en Espagne et Eduardo Noriega voit alors sa carrière prendre un virage décisif, surtout qu'un an plus tard, il obtient le rôle principal d'Ouvre les yeux, toujours réalisé par Amenabar et qui représente l'un des plus gros succès du cinéma espagnol. Son incarnation de César, un Dom Juan défiguré après un accident de voiture, lui vaut d'être nominé en 1999 dans la catégorie Meilleur Acteur aux Goya, l'équivalent ibérique des Césars.Eduardo Noriega devient alors l'un des jeunes comédiens espagnols les plus populaires sur ses terres et tient la vedette de nombreux longs métrages, pour la plupart assez sombres. On le retrouve en 1999 à l'affiche de Jeu de roles, réalisé par Mateo Gil, fidèle scénariste d'Alejandro Amenabar. La même année, il joue dans La Source jaune de Miguel Santesmases puis, un an plus tard, dans Vies brûlées de Marcelo Pineyro.En 2002, il est à l'affiche de quatre films aux genres biens distincts : L'Echine du diable, un film fantastique de Guillermo Del Toro ; Guerreros, centré sur des jeunes soldats espagnols durant le conflits de Kosovo ; Visionnaires, qui se penche sur des apparitions mystérieuses de la Vierge Marie dans l'Espagne des année 30 ; et Novo, une comédie dramatique sur fond d'amnésie signée Jean-Pierre Limosin.
