Ruka, jeune lycéenne, vit avec sa mère. Elle se consacre à sa passion, le handball. Hélas, elle se fait injustement exclure de son équipe le premier jour des vacances. Furieuse, elle décide de rendre visite à son père à l'aquarium où il travaille. Elle y rencontre Umi, qui semble avoir le don de communiquer avec les animaux marins. Ruka est fascinée. Un soir, des événements surnaturels se produisent....

Surgies des flots, des hordes de créatures monstrueuses, les 'Kaiju', ont déclenché une guerre qui a fait des millions de victimes et épuisé les ressources naturelles de l'humanité pendant des années. Pour les combattre, une arme d'un genre nouveau a été mise au point : de gigantesques robots, les 'Jaegers', contrôlés simultanément par deux pilotes qui communiquent par télépathie. Mais même les Jaegers semblent impuissants face aux redoutables Kaiju. Alors que la défaite paraît...