L’agent Mulder est approché par un indicateur proche du gouvernement se faisant appeler Gorge Profonde.
Ce dernier tente de le dissuader d’aller enquêter sur la base militaire aérienne d’Ellens dans l’Idaho où plusieurs pilotes disparus sont victimes de trous de mémoire lorsqu'ils réintègrent leurs familles…
Titre original de l'épisode : Deep Throat
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel