Scully est contactée par Tad O'Malley. Il est chez Mulder, et son appartement est saccagé et il a disparu. Impossible de le contacter, ils ignorent qu'il rejette en fait leurs appels. Après avoir été attaqué chez lui, Mulder est en chemin vers l'homme à la cigarette. Tout ceci arrive alors que O'Malley a révélé dans son magazine le passage à l'acte de l'attaque finale de toute la conspiration avec les extra terrestres : chaque humain vacciné a un défaut génétique qui crée la déficience de son système immunitaire. Peu à peu, les hôpitaux se remplissent de gens malades et incurables. Scully travaille de paire avec l'agent Einstein à son hôpital, tandis que l'agent Miller parvient à retrouver Mulder... Scully reçoit alors la visite d'une alliée impromptue...
Titre original de l'épisode : My Struggle II
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel