Amené à se confesser lors d’un entretien avec un interlocuteur, l’Homme à la Cigarette révèle les grandes lignes du complot gouvernemental visant à la colonisation de la Terre par les extraterrestres. Il explique que le gouvernement américain a conclu un pacte avec les extraterrestres en choisissant de collaborer avec eux plutôt que de résister. Le gouvernement américain et le Consortium ont mené des expériences génétiques sur des cobayes humains afin de créer une race hybride mi-humaine, mi-extraterrestre. Il était donc prévu que la colonisation de la Terre commencerait une fois que le premier hybride serait crée et remis entre les mains des colons extraterrestres. Pendant ce temps, Cassandra Spender est retrouvée dans un wagon abandonné au milieu de cadavres de médecins qui ont été retrouvés carbonisés. Mulder et Scully décident de mener l'enquête…
Titre original de l'épisode : Two Fathers
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel