Mulder, Scully et Cassandra Spender sont emmenés par l’agent spécial Diana Fowley dans un centre de décontamination gouvernemental. Mulder y rencontre alors Marita Covarrubias sur laquelle on a testé les effets de l’huile noire, un dangereux virus que veulent utiliser les colons extraterrestres pour affaiblir les hommes et coloniser la planète. De son côté, Scully soupçonne Fowley de travailler avec le consortium et incite Mulder à enquêter sur cette dernière. Mulder se retrouve face à face avec l’Homme à la Cigarette, qui lui explique alors les vraies raisons de l’enlèvement de sa sœur Samantha et le véritable rôle de son père dans le Projet…
Titre original de l'épisode : One Son
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel