Les agents Mulder, Doggett, Reyes, le directeur adjoint Skinner et Alex Krycek tentent d’oublier leurs conflits passés et s’associent afin de protéger Scully et son futur enfant William, tous deux menacés par Billy Miles et les autres réplicants extraterrestres. Alors que Rohrer révèle à Doggett les raisons du mystérieux enlèvement de Scully, Mulder en apprend un peu plus sur le programme gouvernemental que cache toute cette opération. Scully commence à ressentir les premières contractions, l’accouchement est imminent. Mulder arrivera-t-il à temps pour aider sa partenaire et assister à la naissance de son enfant ? Sa relation avec Scully parviendra-t-elle enfin à se clarifier ?…
Titre original de l'épisode : Existence
Titre de la série : X-Files : aux frontières du réel