Pendant que Walter Skinner et Michael Kritschgau cherchent désespérément à découvrir la vérité qui se cache derrière le mystérieux objet extraterrestre, les agents Scully et Mulder ne savent pas qu'un agent spécial du FBI travaille en réalité pour l’homme à la cigarette. Dans le même temps, Scully découvre un vaisseau spatial enseveli en Afrique qui pourrait prouver l’existence de la vie extraterrestre.